自魔法作为实用技术确立以来，已经过去了大约一个世纪。 国立魔法大学附属第一高校，通称为“第一高校”， 有一对兄妹入学了。 哥哥劣等生达也拥有作为魔法师致命缺陷。 妹妹深雪则是完美无瑕的优等生。
他们的学生生活是充满波澜。 政治结社《布兰什》的袭击。 香港国际犯罪团伙《无头龙》介入九校战。 大亚联合军入侵横滨。 出现附着在人们精神上并使其变异的魔物寄生虫。 以及 USNA 军事魔法师部队总队长安洁·天狼星，即安洁莉娜·库都·希尔兹的到访。
动荡的一年结束后，两人成为二年级学生，他们的生活也逐渐发生变化。 四叶家派来的樱井水波与达也他们同居， 达也转到了新设立的魔法工学科，通称为《魔工科》。 尽管本应与深雪共度平静的校园生活， 但世界并不会允许他们如此…… 然后，── 充满波澜的日子再次拉开帷幕。
